Po wejściu do Warszawy niemieckie władze okupacyjne przystąpiły do reaktywowania instytucji komunalnych, niezbędnych do funkcjonowania miasta, w tym również straży ogniowych.
W czasie okupacji Warszawska Straż pracowała pod stałą i ścisłą kontrolą policji niemieckiej i nielicznych volksdeutschów, ale mimo to podjęto decyzję o powstaniu tajnej organizacji wojskowej, wzorowanej na dawnych organizacjach niepodległościowych. Jej organizatorami byli oficerowie o długim stażu służby, zajmujący przed wojną stanowiska dowódcze, cieszący się dużym szacunkiem i zaufaniem. Już 23 grudnia 1939 roku utworzono Strażacki Ruch Oporu „Skała", ideologicznie związany z programem polskiego Rządu Emigracyjnego w Londynie i ze Związkiem Walki Zbrojnej, a następnie z Armią Krajową.
W kierownictwie organizacji znalazł się kpt. St. Gieysztor, kpt. J. Ligocki, kpt. St. Drożdżeński. a także inni oficerowie. Okrucieństwo okupanta i wprowadzony terror wymusiły na organizacj: konieczność wypracowania nowych sposobów konspiracyjnej walki. Jednak późniejsze wydarzenia, a zwłaszcza aresztowanie i śmierć St. Gieysztora i kilku innych działaczy, osamotnienie organizacji, a wreszcie przejęcie kierownictwa przez ludzi o innych poglądach, wprowadziło pewien zamęt.
„Skała" rozciągnęła swą działalność na cały kraj. Najsprawniej funkcjonowała w Warszawie. Tutaj była zlokalizowana największa liczba strażackich jednostek zawodowych i ochotniczych, które dysponowały środkami łączności i transportu, i co najważniejsze, pomieszczeniami strażackimi, które można było wykorzystać do prowadzenia pracy konspiracyjnej.
Pożary w mieście wybuchały dość często, straż gasiła je z większym lub mniejszym powozeniem, w zależności od tego, co się paliło.
Dużych strat przysparzały okupantom akcje sabotażowe, prowadzone przez strażacką organizację w zakładach przemysłowych, magazynach czy fabrykach zbrojeniowych, a więc w miejscach dla Niemców szczególnie ważnych. W wielu przypadkach strażacy sami wywoływali pożary w obiektach, na które wskazywała ich własna służba wywiadowcza.
I tak właśnie 12 kwietnia 1942 r., gdy w niemieckiej fabryce „Avia", produkującej części do samolotów, wybuchł pożar i wezwano jednostki WSO, to strażacy prowadzili akcję na tyle nieskutecznie. że fabryka uległa spaleniu. Gdy płonął transport benzyny lotniczej na Dworcu Zachodnim, to strażacy podczas akcji, która musiała być przeprowadzona, sobie wiadomym sposobem starała się o to by spłonął doszczętnie. Podczas późniejszego ponownego pożaru takiego transportu, udało się strażakom odkręcić zawory jednej, a później innych cystern i doprowadzić do tego, by cały transport stanął w płomieniach.
Nie wszystkie tego typu akcje sabotażowe uchodziły bezkarnie. Kiedy w 1943 r. zapaliły się warsztaty i garaże SS przy ul. Barokowej, a Niemcy zorientowali się, że akcja gaśnicza przebiega niewłaściwie, ostrzelali strażaków, raniąc wielu z nich.
Najbardziej chyba dramatyczną i nierozpoznaną przez Niemców akcją sabotażową był pożar w olbrzymim magazynie podziemnym pod Państwową Wytwórnią Papierów Wartościowych, gdzie władze okupacyjne zgromadziły wielkie ilości sprasowanej celulozy do produkcji waluty i papierów wartościowych.
Kiedy 4 grudnia 1942 r. wybuchł tam pożar, najprawdopodobniej w wyniku działań sabotażowych, przybyłe jednostki, z powodu trudnych warunków, nie mogły go zlokalizować. Magazyn nie posiadał okien, a jedyne wąskie wejście znajdowało się na całkowicie zadymionej klatce schodowej.
Nadzorujące akcję gestapo wyznaczyło dwóch doświadczonych strażaków do wykonania rozpoznania wewnątrz magazynu. Po założeniu aparatów tlenowych i zapięciu linek asekuracyjnych zeszli oni na dół. W trakcie penetracji zorientowali się, że pożar można jeszcze opanować pod warunkiem szybkiego
podania prądów wody. Postanowili jednak przekazać wiadomość, że nie da się ustalić źródła ognia. Niemcom nie chciało się sprawdzać prawdziwości tego rozpoznania. Wchodzący później do akcji strażacy też nie znajdowali źródła, bo zadymienie było coraz większe, temperatura coraz wyższa, a w powietrzu unosiły się gazy trujące. Wszelkie próby gaszenia nie dały rezultatu, a kolejne wejścia strażaków kończyły się zatruciami i zemdleniami. Wielu musiano odwieźć do szpitala, jeden zmarł na miejscu. Wobec takiej sytuacji hitlerowcom nie przyszło do głowy, że mają do czynienia z sabotażem.
Dopiero następnego dnia, przez wybite młotami pneumatycznymi otwory w żelbetowym stropie, udało się wprowadzić kilka prądów wody. A kiedy po trzech dniach udało się wejść do magazynu, okazało się, że bawełna uległa spaleniu, a papier całkowicie nasiąkł wodą. Straty były ogromne.
W czasie okupacji rozpoczął działalność nowy, kolejny VI oddział Warszawskiej Straży. Stała się nim eksperymentalna jednostka Centralnej Szkoły Pożarniczej na Żoliborzu. Częściowo obsadę 5 wozów bojowych stanowili słuchacze aktualnych kursów strażackich.
Podobnie jak pozostałe i ten oddział skupiał odważnych, patriotycznie nastawionych strażaków, gotowych, mimo narastającego terroru i wzmożonych akcji patrolowych, prowadzić walkę z okupantem. Wozy strażackie niejednokrotnie przewoziły radiostacje, broń, a także wywoziły z getta przebranych w stroje strażackie Żydów. Gdy w 1943 r. wybuchło powstanie w getcie, strażacy zaopatrywali walczących w broń, amunicję i żywność, informowali o sytuacji w mieście j Sprzyjało temu usytuowanie oddziałów I i IV WSO w pobliżu bramy prowadzącej do getta.
W 1943 r. przywódcy „Skały", bez konsultacji z szefami poszczególnych struktur organizacyjnych, podjęli samowolną decyzję o przystąpieniu organizacji do konspiracyjnego związku organizacji wojskowych- Korpusu Bezpieczeństwa, podporządkowanego dowództwu Armii Ludowej. Decyzji tej nie zaakceptowały poszczególne okręgi, a szeregowi członkowie dowiedzieli się o tym wiele lat po wojnie. Kiedy przed wybuchem Powstania Warszawskiego nastąpiły dalsze aresztowania, a przywódca „Skały"
wyjechał do Lublina w celu nawiązania kontaktów z PKWN, wielu członków „Skały" samodzielnie szukało kontaktów z AK i wstępowało do jej oddziałów bojowych. W chwili wybuchu Powstania Straż Warszawska zdezorganizowana - 29 lipca 1944 r. Niemcy zabrali najlepsze wozy pożarnicze. Ich kierowcy zdążyli się ukryć.
Wielu strażaków wstąpiło do oddziałów powstańczych. Walczyli i gasili pożary, zapisując kolejne piękne karty w historii stołecznej straży.
W ciągu tych pamiętnych 63 dni strażacy walczyli z bronią w ręku na barykadach. Niejednokrotnie wykorzystywali strażacki sprzęt przy zdobywaniu kolejnych punktów oporu wroga. Tak było podczas walk o gmach „PAST-y" przy ul. Zielnej, to silny punkt hitlerowskiego oporu. Prawie twierdza, obsadzona przez ponad stu esesmanów i żandarmów, uzbrojonych w działka, cekaemy, erkaemy i inną broń- dawała się dotkliwie we znaki powstańcom. Postanowiono przegonić Niemców z tego miejsca ogniem. Do tego celu użyto motopompy, za pomocą której strażacy-powstańcy przepompowali pół tony ropy na parter i piętro budynku i podpalili ją. Stłoczeni w piwnicach hitlerowcy próbowali się przebić, to się nie powiodło, poddali się.
20 sierpnia 1944 na dachu 7-piętrowego gmachu załopotała biało-czerwona flaga.
